Der Verwaltungsrat ist für die Durchführung der verfassungmäßigen Aufgaben der Stiftung verantwortlich und überwacht die Geschäftsführung der Hochschule. Dazu gehört die Wahl der von einer Berufungskommission vorgeschlagenen Professor(inn)en sowie die Wahl des Rektors und des Prorektors.

Der Verwaltungsrat wählt als externe Mitglieder Vertreter(innen) der Jährlichen Konferenzen der Evangelisch-methodistischen Kirche in Deutschland, der Schweiz und Österreich. Zu den internen Mitgliedern gehören die hauptamtlich Lehrenden der Hochschule und Vertreter(innen) der Studierenden. Der Verwaltungsrat wählt eines der externen Mitglieder zum/zur Vorsitzenden.

Zwischen den jährlichen Sitzungen überträgt er die Geschäftsführung einem aus externen und internen Mitgliedern gewählten Vorstand.

Die Geschäftsführung der Hochschule liegt beim Rektor, stellvertretend beim Prorektor.